Les hippopotames sont extrêmement territoriaux ; un hippopotame mâle marque souvent son territoire le long d’une berge de rivière où il garde son harem de femelles, qu’il défend contre les autres mâles. Les hippopotames mâles se défient avec des bâillements menaçants. Leurs canines mesurent 50 centimètres de long et ils utilisent leur tête comme un bélier, surtout contre les mâles rivaux quand ils luttent pour leur territoire. L’hippopotame n’attaque pas les humains, mais, extrêmement territorial, il défend contre eux son domaine avec énergie et, comme son habitat est souvent envahi par les fermiers et par les touristes, il compte parmi les animaux les plus dangereux d’Afrique. On dit qu’il cause plus de morts chez les humains qu’aucun autre mammifère.
Les hippopotames vivent presque toujours en eau peu profonde, rarement en eau profonde. La plupart des hippopotames qui ont l’air de flotter sont en fait debout ou couchés sur le fond. Ils se nourrissent à terre surtout pendant la nuit, consommant jusqu’à 50 kg de végétation par jour. Il a été observé qu’ils consomment de temps en temps de la viande trouvée dans des ordures près de leur habitat, mais ce ne sont pas réellement des carnivores.
Les hippopotames adultes ne flottent généralement pas. En eau profonde, ils se propulsent d’habitude par des sauts, en poussant sur le fond. On a remarqué qu’ils se déplacent à 8 km/h dans l’eau. Les jeunes hippopotames nagent plus volontiers, en se propulsant grâce à des coups de pied de leurs jambes arrières. Un tout jeune hippopotame a survécu après avoir été projeté dans la mer pendant le tsunami produit par le séisme de l’Océan Indien en 2004 et a été recueilli sur une île voisine.
Les bébés hippopotames naissent sous l’eau et pèsent entre 27 et 50 kg ; ils doivent monter à la surface pour leur première respiration. Les jeunes restent souvent sur le dos de leurs mères quand l’eau est trop profonde pour eux et s’immergent pour téter.
Les hippopotames adultes font habituellement surface pour respirer toutes les 3-5 minutes. Les jeunes doivent respirer toutes les 2-3 minutes. Le processus de remontée en surface et de respiration est automatique et même un hippopotame qui dort remontera et respirera sans se réveiller. On a observé des hippopotames qui restaient en submersion jusqu’à 30 minutes. Dans cette situation, il obture ses narines.
Avant la dernière période glaciaire, l’hippopotame était répandu en Afrique du Nord et en Europe, car il peut vivre dans des climats plus froids pourvu que l’eau ne gèle pas en hiver. Il est maintenant éteint en Égypte, où il était courant de le voir dans le Nil au cours des temps historiques.
Pline l’Ancien écrit qu’à son époque le meilleur endroit d’Égypte pour le capturer était dans le nome de Saïs (N.H. 28.121); et on pouvait toujours en trouver le long du bras de Damiette après la Conquête arabe (639). Même sur l’île de Malte, à Għar Dalam (la Grotte des Ténèbres), des ossements d’hippopotames (dont des hippopotames nains ont été trouvés, datant d’environ 180 000 ans.
Les hippopotames existent toujours dans les fleuves de l’Ouganda, du Soudan, dans le Nord de la République démocratique du Congo et dans le Nord de l’Éthiopie, dans l’Ouest de la Gambie et le Sud de l’Afrique (Botswana, en République d’Afrique du Sud, au Zimbabwe, en Zambie). Une population distincte vit en Tanzanie et au Mozambique.