Les populations de tortues de mer semblent avoir été autrefois très denses et importantes. Leur chasse à grande échelle pour leur viande, graisse ou carapace semble ancienne, et les populations côtières ont « toujours » récolté les œufs de tortues.
Aux Antilles, parmi les premiers chroniqueurs, le Père Breton, le Père Du Tertre et le Père Labat estimaient qu’elles étaient sans doute déjà moins nombreuses que quand les premiers habitants de ces îles les ont découvertes vers 2000 ans av. J.-C.. Mais au XVIe et XVIIe siècles, ces reptiles étaient encore très communs.
Le Père Du Tertre (1667-1671) pour la Guadeloupe écrivait : « (…) on ne saurait croire combien de lamantins, de tortues et tous les autres poissons se plaisent autour des îlets. Il semble que la grande mer s’en épuise pour les remplir ; car je suis très certain que pendant les dix premières années que l’isle a été habitée, on a tiré chaque année plus de trois à quatre mille tortues, un très grand nombre de lamantins, et que l’on en tire encore tous les jours quantité, et il s’en tirera jusqu’à la fin du monde sans les épuiser (..). ». Cette prédiction ne s’est par réalisée.
En 1976, Kermarrec parlait pour la zone caraïbe d’un véritable génocide, qui a, au début des années 1990, engagé l’administration française à, théoriquement, strictement protéger les tortues marines des Antilles françaises. 15 ans après, un début de restauration des effectifs de certaines espèces de tortues marines semble en cours dans les caraïbes françaises.
Mais dans le monde, toutes les tortues marines restent menacées, la tortue Luth, encore elle, étant en danger critique d’extinction (liste rouge de l’UICN).
La plus grande menace actuelle est la pêche accidentelle au palangrier ou aux chaluts, notamment lors de la pêche au thon. Il est estimé que 40 000 tortues meurent chaque année de la pêche au palangrier. D’après des chercheurs du 24e congrès sur la conservation et la biologie des tortues marines au Costa Rica, la tortue Luth n’a plus que dix ans avant extinction si rien n’est fait pour régler ces problèmes. Des changements simples et peu chers comme des hameçons plus gros ou des pièges dont les tortues peuvent s’échapper peuvent faire chuter de manière spectaculaire le taux de mortalité.
D’autres dangers sont les déchets marins flottants tels que des filets de pêches abandonnés dans lesquels elles sont piégées et se noient ou les sacs plastiques qu’elles prennent pour des méduses (un de leurs aliments) et leur provoquent des occlusions digestives et/ou un faux sentiment de satiété.
Le développement touristique ou l’urbanisation de certaines plages de ponte est également une sérieuse menace pour les tortues de mer. Il y a donc eu un mouvement pour protéger ces zones de ponte, parfois même par la police. Dans certains endroits comme en Floride, après qu’une tortue a pondu ses œufs, ceux-ci sont ramassés et replacés dans des nurseries où ils sont protégés. Ce n’est pas la meilleure solution car les tortues reviennent pondre sur leur plage d’origine.
La pollution lumineuse est une autre cause de mortalité, mais la réglementation de l’éclairage peut éviter que les bébés tortues ne confondent les lumières artificielles avec celle de la Lune ou du Soleil sur la mer et n’aillent dans la mauvaise direction après l’émergence.
Le braconnage et le marché noir de la viande ou des œufs de tortue reste un problème dans le monde entier, spécialement en Inde, Indonésie et chez les nations côtières d’Amérique latine. Des estimations font état de 35 000 tortues tuées par an au Mexique et autant au Nicaragua.
Chasse traditionnelle
Sur les plages au moment de la ponte, les tortues sont renversées sur le dos, puis au petit matin emmenées. Mais beaucoup de tortues sont prises dans des filets fixes ou dérivants. En Haïti les pêcheurs utilisent des dispositifs appelés « fol » constitués d’une nappe de filet avec beaucoup de mou. Un autre dispositif de capture appelé « bobèche » est composé de morceaux de bois rappelant la forme d’une tortue et l’ensemble est recouverte d’alèses de filets dans lequel vient s’emmêler la tortue mâle qui croyait avoir affaire à une femelle.
Dans l’Océan Indien et dans l’Océan Pacifique, la queue d’Echeneis naucrates, un rémora, est attachée et la tortue est pêchée lorsque celui-ci se fixe sur sa carapace.
La menace chimique
Les polluants chimiques et plus particulièrement les métaux s’accumulent dans le foie, les reins et les muscles des tortues marines. Cette accumulation de polluants pourrait avoir un rôle dans la propagation de maladies comme la fibropapillomatose.
La dégradation des mers et de la barrière corallienne est une menace pour les populations de certaines espèces.