Le travail du castor n’influe pas seulement sur le modelé des paysages. Il joue également un rôle important dans la vie aquatique. Dans les rivières de montagne, son ouvrage accentue la production de plancton, nourriture préférée des truites. Les barrages et retenues d’eau qu’il construit contribuent à relever la température de l’eau en été, ce qui facilite la croissance des poissons, donc le développement des espèces piscivores : hérons et plongeons chez les oiseaux, ou, chez les mammifères, la loutre de rivière du Canada. Ses retenues d’eau favorisent aussi le développement de diverses plantes aquatiques, qui servent de nourriture à divers animaux, dont l’ours.
L’influence bénéfique du castor sur l’environnement ne s’arrête pas là. Il lui est même arrivé de corriger les erreurs écologiques commises par l’homme. Ainsi, au début du XXe siècle, en Alabama et en Géorgie, une mauvaise exploitation agricole des terres avait entraîné une importante érosion des sols. Le travail des castors, dès qu’on les a laissé faire, a permis de stabiliser de nombreuses vallées.
Le castor, à la fois « bûcheron », « hydraulicien » et « terrassier » est un animal qui présente des caractéristiques particulières et inhabituelles d’aménageur de son écosystème ;
En « ouvrant » à la lumière les ripisylves, les forêts galeries, et les fonds de vallées, et en inondant certains terrains, les familles de castors recréent et entretiennent des chapelets de zones humides s’alimentant gravitairement de l’amont vers l’aval. Ces milieux sont propices à l’épuration de l’eau (grâce notamment au pouvoir désinfectant des UV). Ils sont aussi facteurs d’hétérogénéisation et de complexification des cours d’eau et de leurs écotones, et au développement de la faune et de la flore (fleurs sauvages, insectes, batraciens, oiseaux, algues, poissons…). Ces barrages, s’ils sont assez nombreux et importants et si le fond est percolant (ceci ne vaut pas sur les rivières entamant un socle granitique) renforcent fortement l’alimentation des nappes phréatiques (Cf. Loi de Darcy) et favorisent une remontée du niveau de sources périphériques et une alimentation plus régulière des sources (moins d’à sec de ruisseaux en été, et débits d’étiage plus réguliers et importants).
Si les ressources en écorce viennent à manquer localement, la famille de castors cherche un autre endroit où s’installer en aval ou en amont, laissant le temps aux arbres de repousser avant un nouveau retour. Si une famille disparaît (déplacement, prédation, maladie…), le barrage se dégrade rapidement entrainant une baisse du plan d’eau qui laisse un nouvel espace ensoleillé ouvert à la colonisation des plantes pionnières. Ces cycles sont favorables à l’entretien d’une biodiversité plus élevée5 que s’il n’était pas présent et à un cycle biogéochimique plus complexe.
En régulant le débit des cours de l’eau de l’amont des grands cours d’eau, et en conservant des quantités importantes d’eau près du haut des bassins versants, il diminue également, et très efficacement, les risques de sécheresse en amont de ses barrages, et d’inondations en aval de ceux-ci, lors des crues. Au Canada, la réintroduction de castor canadensis dans l’Alberta, grâce aux petits barrages qu’il construit et entretient a permis de faire localement fortement reculer le risque d’incendie et le stress hydrique des arbres (facteur de maladies ou parasitoses) ; Dans 90 % des cas la présence d’eau s’est avérée liée aux castors, plus qu’aux variations locales de température et de précipitations.
On a aussi noté qu’en Europe, là où le castor était revenu, les populations de rat musqué régressaient.
On a noté qu’après l’extinction de plusieurs de ses populations dans plusieurs régions du Canada, la disparition de ses barrages a entrainé un important déficit en eau, puis des sécheresses et des incendies de forêts. Ces conséquences ont entraîné la décision de le réintroduire dans plusieurs zones où les incendies ont effectivement été réduits par la réapparition des barrages.
Toutes les essences autochtones européennes et nord-américaines d’arbres poussant dans les zones humides ont coévolué avec le castor : coupées par le castor, elles recèpent facilement et produiront des taillis et des racines qui continueront à stabiliser les berges, tout en laissant plus de lumière éclairer la zone du barrage. Dans leur milieu, les populations naturelles de castor ne font donc pas de dégâts dans l’écosystèmes forestier. Inversement, les arbres coupés par les castors récemment introduits en Amérique du Sud pour leur fourrure ne recèpent pas. Dans ce dernier cas, loin de son habitat naturel, le castor devient un déprédateur, avec des effets négatifs pour la biodiversité. Il pourrait même peut-être un jour y devenir invasif. C’est néanmoins une espèce qui sur les petits cours d’eau est très facile à piéger.
Les barrages de castor semblent globalement très favorables à la biodiversité et à de nombreuses espèces menacées des zones humides, mais – localement – ils peuvent aussi défavoriser certaines espèces rares ou menacées. Ce pourrait être le cas, en amont de certains barrages, d’espèces inféodées à des zones de fort courant et/ou à des fonds de gravier propre comme le sont les mulettes (ou moules d’eau douce). Cependant le castor fait spontanément ses barrages sur des zones où de la terre est disponible (car il en a besoin pour colmater les nombreux trous de ses barrages), zones qui sont justement propices aux apports de limons sur le fond et réputées non propices à ces moules. Sur les cours d’eau où les castors font des barrages (ils n’en font pas au travers des grandes rivières ou des grands fleuves ni en zone très rocheuse), un barrage situé en aval d’une forêt galerie favorise des accumulations automnales de feuilles mortes en amont du barrage. Ces feuilles nourrissent de nombreux invertébrés (copépodes et crustacés telles que les daphnies notamment, qui sont une des bases de la pyramide alimentaire) mais en couvrant le fond, elles défavorisent d’autre formes de vie inféodées aux zones de courant de fond et/ou de lumière.
Il a été suggéré en Amérique du Nord que les grands barrages du castor canadien soient aussi des obstacles partiels à la migration d’espèces de poissons qui sont hôtes des moules d’eau douce. Sur la zone amont d’un barrage (et plusieurs barrages se succèdent parfois sur de courtes distances) certaines populations de moules peuvent donc régresser ou disparaître. Néanmoins divers indices fossiles montrent que durant trois interglaciaires, ces mulettes et les castors ont coexisté en Amérique du Nord, comme en Europe, mais peut-être pas aux mêmes endroits.
Pour toutes ces raisons, le castor est de plus en plus considéré comme un auxiliaire efficace de l’homme dans ses opérations de renaturation, de génie écologique et de gestion différenciée des berges, ou de manière générale pour une bonne gestion des cours d’eau et la restauration quantitative et qualitative de cette ressource, quand les questions de coexistence avec les agriculteurs ou sylviculteurs riverains ont été préparées et résolues. En termes de bilan global, la présence de castors semble avantageuse pour l’écosystème, et pour l’Homme. (La condition est de lui laisser un nombre suffisant d’arbres, tiges et branches à ronger). Les peupleraies ou les arbres qu’on souhaite conserver en lisière de cours d’eau peuvent être préservés par un simple grillage bas posé autour de l’arbre, ou quelques fils électrifiés.
De plus, à la différence de la loutre, il est peu exigeant sur la qualité de l’eau et peut ainsi recoloniser certaines zones de qualité médiocre qu’il contribuera à écologiquement restaurer.