Le colombier désigne encore les édifices de la Renaissance et du début des Temps modernes.
Une variante de petite taille annexée à une tour ou à une ferme s’est appelée en latin classique fŭga et en latin populaire fūga. Un mot français fuie est attesté vers 1135 au sens de « fuite », puis à partir du XIIIe siècle de « refuge » et enfin de « volière pour les pigeons », le terme français remonte probablement au latin vulgaire *fūgĭta. La fuie consiste en une petite volière qu’on ferme avec un volet et où l’éleveur particulier peut nourrir son pigeon domestique.
Il faut noter que l’évolution gasconne de fuga, sous la forme hune, désigne un colombier à pied. En effet, dans les pays proches de la Garonne et du Midi français, couloume dérivé de colombarium correspond à une installation domestique, c’est-à-dire à la fuie de Touraine.
Le terme « pigeonnier » est plus commun au XIXe siècle, attestant la lente obsolescence du mot colombier. Les deux termes peuvent être considérés comme synomymes.
Les plus anciens seraient les colombiers forteresses de Haute-Égypte, et les colombiers perses surmontés d’une poivrière. Dans les régions arides, la fiente est une fumure recherchée et elle est recueillie sur des nattes régulièrement nettoyées. Dans l’ancienne Perse et Irak, elle servait à la culture des melons.
La présence de colombiers n’est pas attestée en France avant l’invasion romaine par César. L’élevage des pigeons était alors une passion à Rome. Le colombarium romain, généralement rond, avait son intérieur recouvert d’un enduit blanc de poudre de marbre. Varron, Columelle et Pline l’Ancien ont écrit des ouvrages sur l’élevage des pigeons et la construction des colombiers.
L’intérieur du colombier, espace imparti aux pigeons, est divisé en nichoirs appelés boulins. Chaque boulin est le logement d’un couple de pigeons. Ces boulins peuvent être en pierre, brique ou torchis et installés lors de la construction du colombier ou être en poterie (pots couchés, tuiles canal, diverses cases), en osier tressé en forme de panier ou de nid. C’est le nombre de boulins qui indique la capacité du pigeonnier. Celui du château d’Aulnay avec ses 2000 boulins et celui de Port-d’Envaux avec ses 2400 boulins de terre cuite sont parmi les plus vastes.
Au Moyen Âge, la possession d’un colombier à pied, construction séparée du corps de logis (ayant des boulins de haut en bas), était un privilège du seigneur haut justicier. Pour les autres constructions, le droit de colombier variait suivant les provinces. Elles devaient être en proportion de l’importance de la propriété, placées en étage au-dessus d’un poulailler, d’un chenil, d’un four à pain, d’un cellier… Généralement les volières intégrées à une étable, une grange ou un hangar, étaient permises à tout propriétaire d’au moins 50 arpents (environ 2,5 hectares) de terres labourables, qu’il soit noble ou non, pour une capacité ne devant pas dépasser suivant les cas 60 à 120 boulins.
Produisant un excellent engrais (la colombine), les pigeons étaient vus comme une catastrophe par les cultivateurs, en particulier au moment des semailles. Il était donc nécessaire d’enfermer les pigeons dans le colombier lors des semis agricoles, en obstruant les ouvertures du colombier.
Dans les anciennes provinces de Droit coutumier où posséder un colombier était un privilège réservé à la noblesse et au clergé (Normandie, Bretagne, etc.), les cahiers de doléances en demandèrent très fréquemment la suppression, ce qui sera entériné lors de la nuit du 4 août 1789.
Le pigeonnier devint, après la Révolution la partie emblématique de l’habitat paysan puisque sa construction signifiait la fin des droits seigneuriaux, celui-ci étant jusqu’alors réservé aux seules maisons nobles. Il était soit directement accolé à la maison soit indépendant d’elle. Toujours de dimension considérable, puisqu’il était censé ennoblir l’habitat, il s’élevait sur deux étages, le dernier étant seul réservé aux pigeons. Pour protéger ceux-ci d’une invasion de rongeurs, son accès était toujours protégé par un revêtement de carreaux vernissés qui les empêchait d’accéder à l’intérieur.
De nos jours, des pigeonniers modernes sont installés dans les espaces verts des villes pour éviter les nidifications sur les fenêtres et les abords d’immeubles. Munis de casiers supports des nids qui sont numérotés pour le suivi des pontes et de perchoirs indépendants, ils servent ainsi à lutter contre le bruit, les fientes ou la détérioration des plantes florales. Des « pigeonniers contraceptifs » ont été créés en 1990 par la Société Protectrice des Oiseaux de Ville et la SREP Société de Régulation et d’entretien de Pigeonnier: la stérilisation manuelle des œufs évite la prolifération des pigeons.